28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정4부(김정중 부장판사)는 두나무가 역삼세무서를 상대로 낸 법인세 경정 거부 처분 취소 소송에서 최근 원고 패소로 판결했다. 정부는 지난 2018년 10월 벤처기업법 시행령을 개정해 ‘블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업’을 벤처 기업 업종에서 제외했다. 이에 따라 두나무는 같은 해 12월 정부로부터 벤처기업 확인 취소 처분을 받았고, 조세특례제한법에 규정된 벤처기업 세액 감면 혜택을 받지 못했다.
이에 두나무는 2018년도 법인세까지는 세액 감면을 그대로 적용해 248억 원을 돌려받아야 한다며 행정 소송을 냈다. 가상자산 관련 업종을 세액 감면 대상에서 제외한 개정조특법이 2019년 1월부터 시행됐고, 두나무가 별도로 제기한 소송으로 행정법원이 2018년 12월 31일부터 이듬해 1월 18일까지 벤처기업 확인 취소 처분에 대한 일시 효력을 정지했다는 점을 이유로 제시했다.
그러나 재판부는 “벤처기업 확인 취소일이 속하는 과세연도부터 소득세·법인세 감면을 적용할 수 없다고 봐야 한다”며 “조세 감면 혜택을 적용할 여지는 없다”고 봤다. 또 조특법 개정안이 지난 2019년부터 시행됐더라도 벤처기업 확인 취소 처분은 2018년에 내려졌기에 법인세 경정을 거부한 세무당국 판단이 적법하다고 판단했다.
재판부는 “선행 판결을 통해 벤처기업 확인 취소 처분이 취소된 것도 아닌 이상 효력정지 결정과 무관하게 2018년도는 과세연도에 해당한다”고 전했다.